Menteri Kesehatan (Menkes) Budi Gunadi Sadikin mengungkapkan bahwa para pemudik sering mengalami tiga masalah kesehatan utama, yaitu gangguan saluran pencernaan (dispepsia), kelelahan parah (fatigue), dan darah tinggi (hipertensi). Menurut Budi, masalah-masalah ini dapat muncul ketika para pemudik terlalu memaksakan diri. Dia menyarankan agar jika merasa lelah, masyarakat segera beristirahat dan mengingatkan pengemudi untuk berhenti sejenak di area peristirahatan setelah menyetir selama empat jam guna mencegah kecelakaan.
Kegiatan angkutan lebaran di Pelabuhan Ciwandan, Cilegon, Banten didukung oleh Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas I Banten yang menurunkan petugas kesehatan dan satu unit ambulans. Fasilitas rujukan ambulans kegawatdaruratan juga telah disiapkan agar dapat langsung merujuk ke fasilitas kesehatan terdekat dalam kondisi darurat.
Para pengendara yang mengalami pegal-pegal dan kurang konsentrasi juga dapat mendapatkan layanan kursi pijat gratis di pos-pos koordinasi tertentu yang menyediakan layanan kesehatan tersebut, seperti di posko BPJS Kesehatan lantai dua Mal Sosoro, Pelabuhan Merak. Masyarakat dihimbau untuk mengakses posko kesehatan yang disediakan secara gratis apabila mengalami keluhan kesehatan.
Pada Minggu (7/4), sejumlah pemudik di Pelabuhan Ciwandan, Cilegon, Banten, jatuh pingsan akibat kelelahan saat antre berjam-jam untuk naik ke atas kapal di bawah teriknya matahari. Petugas cepat tanggap dalam melakukan evakuasi korban ke posko medis untuk penanganan lebih lanjut. Data dari Pelindo Regional 2 menunjukkan bahwa jumlah pemudik yang berangkat ke Bakauheni, Lampung pada Selasa (9/4) mencapai 9.983 orang hingga pukul 18.00 WIB.