Transaksi menggunakan QRIS semakin populer, terutama setelah kenaikan Pajak Pertambahan Nilai (PPN) menjadi 12 persen di tahun 2025. Namun, kekhawatiran muncul bahwa pembayaran menggunakan QRIS juga akan dikenakan tambahan 12 persen. Direktorat Jenderal Pajak Kementerian Keuangan (DJP Kemenkeu) menjelaskan bahwa transaksi QRIS merupakan bagian dari Jasa Sistem Pembayaran, yang menyebabkan para merchant akan terutang PPN berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan (PMK) 69/PMK.03/2022. Namun, DJP menegaskan bahwa penyelenggaraan jasa sistem pembayaran bukan merupakan objek pajak baru. Pengenaan PPN didasarkan pada Merchant Discount Rate (MDR) yang dipungut oleh penyelenggara jasa dari pemilik merchant. Sebagai contoh, jika seseorang membeli TV seharga Rp 5 juta, maka akan terutang PPN 12 persen sebesar Rp 550 ribu, sehingga total harga yang harus dibayarkan adalah Rp 5.550.000. Keterangan resmi tersebut hadir sebagai upaya klarifikasi terkait kebijakan PPN yang baru, memastikan bahwa transaksi menggunakan QRIS tidak akan berbeda dalam hal total biaya dibandingkan dengan cara pembayaran lainnya.